La mayoría de los grupos indígenas en Panamá siguen habitando las ancestrales tierras en las semiautónimas reservas conocidas como comarcas. Las tres comarcas más grandes - la Ngöbe-Buglé, Emberá-Wounaan, y Guna Yala - son el equivalente a una provincia, mientras que las dos comarcas más pequeñas - Madungandí y Wargandí - se consideran municipalidades.

Las poblaciones indígenas tienden a ganarse la vida a través de una combinación de agricultura de subsistencia, pesca, caza, y la venta de artesanías. Algunos grupos están comenzando a experimentar con el turismo (particularmente con el ecoturismo), y han tenido varios grados de éxito. Los más experimentados definitivamente son los Guna, ya que han permitido el ingreso de turistas a su prístino archipiélago en el Caribe por varias décadas.